هنگامي كه در تمام خراسان در زمان حكومت امويان مردم به رهبري ابومسلم خراساني سردار شجاع ايراني قيام ضد اموي خود را شروع كرده بودند ، سناباد در كنار شهر نوغان ، روستايي بيش نبود . در اوج حكومت عباسيان ، وقتي هارون الرشيد به خراسان آمد تا آتش شورش را خاموش سازد ، در اينجا درگذشت ، و فرزند نيمه ايرانيش به خلافت برگزيده شد . زماني كه حضرت رضا ( ع) در ادامه همان مبارزه ضد خلافت و شيعه خواهي به خراسان آمد ، با وجود شهادت آن حضرت ، برگ زريني در تاريخ اين خطه رقم خورد ، و بدينسان سناباد شهري شد با اهميت كه اقتدار سياسي و رونق اقتصادي را به دنبال داشت .

قريه سناباد درمجاورت شهر نوغان و چهار فرسنگي شهر توس واقع شده و كاخي متعلق به حميد بن قحطبه طايي والي توس در آن بود ، مظهر قنات سناباد در محله كنوني در سراب مشهد بوده و در محل كنوني حرم مطهر و رواق هاي فعلي آن و مسجد گوهرشاد باغي بزرگ و دلگشا بوده است . هنگامي كه حضرت رضا ( ع ) از راه نيشابور به مرو مي رفتند و در بين راه از قدمگاه نيشابور ، قريه الحمرا ( ده سرخ فعلي كه وصل به شريف آباد مشهد است ) و كوه سنگي مشهد عبور كردند و در قريه سناباد و خانه حميد ابن قحطبه و باغ او نزول اجلال كردند . حضرت پيش از سفر مرو ، در بقعه هاروني با دست محلي را خط كشيده ، فرمودند : اينجا محل دفن من است .

در سال 202 يا به روايت ديگري 203 هـ . ق پس از شهادت ، پيكر حضرت  رضا ( ع) را در همين بقعه به خاك سپردند . از بقاياي بقعه ، 2 متر از ديوار چينه اي آن به جاي مانده است ، جهانگردان و جغرافيا نويساني چون ابن حوقل، اصطخري ، و مقدسي از اين مكان ياد كرده اند ، در دوره سامانيان عميد الدوله فايق و ابوبكر شهمرد به آباداني و بناي بقعه كوشيده اند . بناي بقعه در آن سال ها شبيه بناي چهار گوش آرامگاه ارسلان جاذب بود ، كه اكنون در سنگ بست مشهد واقع شده است . مرمت گنبد بقعه نيز در زمان سلطان سنجر( 552-511 هـ .ق) بدست شرف الدين ابوطاهر قمي صورت گرفت .

حرم در سال 548 هـ .ق در حمله غزها آسيب ديد. در همان سال سلطان سنجر و زنش به دست غزها گرفتار شدند و آنان را شهر به شهر دست بسته مي گرداندند و در برابر چشمانش مردم را به خاك و خون مي كشيدند . انوري شاعر مشهور آن دوره از خاقان سمرقند ، خواهرزاده سنجر با اين قصيده تقاضاي كمك مي كند :

بـر سمرقند اگر بگذري اي باد سحـر                       نامــه اهـل خـــراسـان بــه برخــاقان بــر

خبرت هست كزين زير و بر شوم غزان                   نيست يك پي ز خراسان كه نشد زير و زبر….

در زمان خوارزمشاهيان درحرم نيز تعميرات و تزييناتي صورت گرفت و كتيبه كاشي چيني به خط ثلث بر ديوار دو طرف در ورودي حاز سمت دارالحفاظ نصب شد .